A veces GitHub no detecta correctamente el lenguaje principal de un repositorio. Por ejemplo, para Mi Segundo PC como tiene más ficheros con extensión php que js decía que el lenguaje era PHP en vez de JS.
Para solucionarlo creamos un fichero .gitattributes en el directorio raíz del repositorio con este contenido:
* linguist-vendored
*.js linguist-vendored=false
Esto le indica a GitHub que desactive la detección de lenguaje para todos los ficheros y la active para los .js, haciendo así que el lenguaje detectado sea JavaScript.